上海市共有21所二本大學參與了2016上海二本大學排名及分數線，其中排名第一的是上海海關學院，排名第二的是上海金融學院，排名第三的是上海中醫藥大學，排名前10的大學還有上海立信會計學院、上海師范大學、上海商學院等
以下是上海二本大學排名2016具體榜單，根據2015年理科二本錄取均分排名，包含部分專業在二本招生的一本大學。
2016上海二本大學排名及分數線
| 上海二本大學排名 | 學校名稱 | 所在地 | 錄取批次 | 錄取線差 | 分數線 | 錄取均分 |
| 1 | 上海海關學院 | 上海 | 本科二批 | 81 | 348(第二批) | 429 |
| 2 | 上海金融學院 | 上海 | 本科二批 | 69 | 348(第二批) | 417 |
| 3 | 上海中醫藥大學 | 上海 | 本科二批 | 68 | 348(第二批) | 416 |
| 4 | 上海立信會計學院 | 上海 | 本科二批 | 66 | 348(第二批) | 414 |
| 5 | 上海師范大學 | 上海 | 本科二批 | 65 | 348(第二批) | 413 |
| 6 | 上海商學院 | 上海 | 本科二批 | 56 | 348(第二批) | 404 |
| 7 | 上海工程技術大學 | 上海 | 本科二批 | 53 | 348(第二批) | 401 |
| 8 | 上海政法學院 | 上海 | 本科二批 | 50 | 348(第二批) | 398 |
| 9 | 上海第二工業大學 | 上海 | 本科二批 | 45 | 348(第二批) | 393 |
| 10 | 上海電力學院 | 上海 | 本科二批 | 43 | 348(第二批) | 391 |
| 11 | 上海海洋大學 | 上海 | 本科二批 | 42 | 348(第二批) | 390 |
| 12 | 上海體育學院 | 上海 | 本科二批 | 40 | 348(第二批) | 388 |
| 13 | 上海應用技術大學 | 上海 | 本科二批 | 35 | 348(第二批) | 383 |
| 14 | 上海視覺藝術學院 | 上海 | 本科二批 | 32 | 348(第二批) | 380 |
| 15 | 上海電機學院 | 上海 | 本科二批 | 31 | 348(第二批) | 379 |
| 16 | 上海健康醫學院 | 上海 | 本科二批 | 28 | 348(第二批) | 376 |
| 17 | 上海外國語大學賢達經濟人文學院 | 上海 | 本科二批 | 22 | 348(第二批) | 370 |
| 18 | 上海師范大學天華學院 | 上海 | 本科二批 | 19 | 348(第二批) | 367 |
| 19 | 上海杉達學院 | 上海 | 本科二批 | 18 | 348(第二批) | 366 |
| 20 | 上海建橋學院 | 上海 | 本科二批 | 14 | 348(第二批) | 362 |
| 21 | 上海興偉學院 | 上海 | 本科二批 | 9 | 348(第二批) | 357 |
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